Te enfrentas a un problema de concepto:
Los marcos (frames) lo que hacen es dividir el espacio disponible. Seguramente, dreamweaver les asiganará como máximo el espacio total disponible (que es lo más 'lógico'). Para ello, si abres el modo html, verás el reparto que hace del espacio en la etiqueta "frameset", algo así:
<frameset rows="75%,*"> que quiere decir, "me lo divides en filas (corte horizontal), una que sea del 75% del ancho y la otra de 'el resto' que es el asterisco"
Para la división en columnas (corte vertical) se usa "cols" en lugar de "rows".
Para distribuir el espacio puedes usar:
Valores relativos (en porcentaje, así siempre será 'la mitad' o 'un cuarto' sea cual sea la resolución del que la ve)
Valores absolutos (cierto número de pixeles, lo que puede provocar que se vea mal en diferentes resoluciones)
Asterisco para asignar 'el resto'.
Por otra parte, cada frame tiene unas propiedades, entre las que está "mostrar scroll o no o cuándo" que son:
scrolling="yes" (siempre saca scroll)
scrolling="no" (nunca saca scroll)
scrolling="auto" (lo saca si el contenido no cabe)
Así que tienes que hacer lo siguiente:
Pon el tamaño a los marcos 'fijos' como quieras, y al que quieres que 'salga por abajo' ponle scrolilng=yes o auto (en rojo en el ejemplo)
<html>
<head>
</head>
<frameset rows="75%,*"> Este hace la división en "arriba y abajo"
<frameset cols="75%,*"> Este divide la parte de arriba en "izquierda y derecha"
<frame name="superior izq" src="superior izq.htm">
<frame name="inferior izq" src="inferior izq.htm"
scrolling="yes">
</frameset>
<frameset cols="*,75%">Este divide la parte de abajo en "izquierda y derecha"
<frame name="inferior izquierda" src="inferior izquierda.htm">
<frame name="inferior derecha" src="inferior derecha.htm"
scrolling="auto">
</frameset>
</frameset>
</html>
Espero haberme explicado mejor ahora... ya me dirás
(Si no era esto lo que preguntabas, perdona y vuelve a preguntar, si es posible con ejemplo o código de lo que tienes ahora)