Lo que podrías probar es usar frames o iframes. Yo hace poco hice un sitio que, por lo que contás, es similar al que estás haciendo. Tiene un header hecho en flash, que además integra la navegación (funciona como una botonera, y tiene un menú desplegable que sigue el desplazamiento lateral del mouse). No quería que recargara, no tanto por el peso (el swf está bastante optimizado) si no porque el header tiene "estados" y al recargar sería poco práctico volver a "reconstruirlos" (ej, el menú desplegable estaba abierto, seleccionado en tal opción, etc).
Entonces, siempre entrás por index.php que es el que carga el header.Y dentro del iframe se van cargando las distintas secciones, pero el index no se recarga (a menos que lo hagas manualmente).
Para linkear a otra sección, si lo hacés desde un documento cargado en el iframe, no hay que hacer nada distinto, porque siempre va a estar cargando el nuevo doc dentro de ese iframe. Si cargás desde el swf, la única diferencia es que tenés que poner en target el nombre de instancia del iframe (atributo name o id, no recuerdo exactamente; podrías usar los dos por las dudas).
Ej: (dentro de index.php)
Código HTML:
<html>
<head>
....
</head>
<body>
<object...... etc> <!-- acá embebés el swf -->
</object>
<iframe name="ifrContenido" id="ifrContenido" frameborder="0" src="home.php" scrolling="no"><!-- por defecto cargás el documento principal -->
</body>
</html>
Para linkear desde flash, podrías poner algo como:
getURL("otraSeccion.php","ifrContenido");
Suerte
Califa