Wow, a veces la "ayuda" llega con cara un tanto agresiva o intolerante... 
Mira, lo que le sucede a tus enlaces es exactamente lo que comenta php.java.jsp, el enlace está buscando una referencia dentro del documento actual, y al ser una referencia nula, asume que debe posicionarse al inicio de la página.
Que es eso??
Esa parte de un URL, la que se coloca después de un signo de # se conoce como identificador de segmento. Y no es otra cosa que un "pseudo-link" interno... te lo explico:
http://www.dominio.com/nosotros.html#clientes
En breve, esta URL le está diciendo al navegador: Ve a
www.dominio.com, busca el archivo "nosotros.html" y posicionate en la sección que se identifica como "clientes".
La explicación: ¿Por qué se usa para SUPRIMIR enlaces?
Dado que este elemento de un URL es "inofensivo", es decir, no provoca una recarga del documento, y no dispara ningún error su ausencia ó presencia, se ha usado de forma tradicional en la composición de enlaces que no se quiere que llamen a un nuevo documento web. Usualmente para usar el enlace para un llamado Javascript desde otra propiedad (onclick).
Entonces, la costumbre ha provocado que esto se haga "normal"...
<a href="#" onclick="accion_javascript();">Tal Cosa</a>
Si bien es cierto que esto es una práctica
no recomendable, tampoco creo que deba juzgarte por hacerlo (en todo caso, mejor te informo para que tu decidas), también es cierto que puedes suprimir el error sin mayores cambios.
Busca los enlaces que te dan problema, encuentra su propiedad "onclick" y agregale una instrucción final "return false;", esta instrucción le dice al navegador "No sigas el enlace de este elemento, la acción se ha cancelado"... por ejemplo:
... onclick="MM_showHideLayers(...); return false;">
A continuación podría recomendarte una mejor forma de hacerlo
(que por cierto dista mucho de ser usando el pseudo-protocolo javascript:funcion), y esto es hacerlo de forma no-intrusiva, dejando que javascript se encargue de encontrar los elementos y asignar las acciones correspondientes SIN ALTERAR EL HTML.
Sin embargo creo que es mejor recomendarte que te familiarices un poco con la estructura del HTML generado por Dreamweaver, y trates de poco a poco dejar de depender de sus (malas) funciones integradas y busques la forma de hacer las tuyas propias (o al menos de elegir las que más te gusten).
Espero que esto te ayude.
Saludos