Sin volver a cargar la página, deberías utilizar javascript.
Primero, en PHP cargas todos los empleados de todas las empresas. Luego, en javascript, cargas todos esos datos (en arrays). Y, para acabar, cuando se cambie el valor del primer combobox cambias el de los empleados.
Pásate por el
foro de javascript para ver con más detalle el funcionamiento de los combos dependientes. Un saludo.