Bueno, ahora, al finalizar el video, ¿el audio va adelantado o atrazado? ya con los elementos separados ahora hay que juntarlos, pero, editando el tiempo o velocidad del audio, si por ejemplo, el audio va más rápido, entonces sonaría adelantado... La idea es qu si sucede eso, entonces es medir con cronómetro cuánto tiempo y ese tiempo aumentárselo o restárselo al audio con algún editor de audio, luego ya juntar (multiplexar) los dos elementos... Esto parece enredado pero no lo es, el problema se solucionaría en un santiamén con un editor de video...
Si te hice más enredo, me avisas