Si quieres evitar ese problema .. debes crear un scritp PHP que se encague de leer tu archivo de su ubicación física (por ruta absoluta a ser posible fuera de tu "document root") y entregarlo al "buffer" de salida de PHP previamente indicando las cabeceras HTTP que indiquen el tipo de archivo que envias .. como lo ha de trabajar el cliente (inline/attach ...) etc, el nombre que será ofrecido para la descarga .. etc.
Puedes ver ejemplos en:
www.php.net/header www.php.net/readfile
Un saludo,