Es necesario escapar las comillas dobles (colocando \ delante de ellas) o usar comillas simples.
<html>
<head>
<title>Prueba</title>
</head>
<body>
<?php
printf ("<h1 align='center'>Prueba</h1>");
printf ("<p align='left'><a href='enlace1.php'>enlace1</a></p>");
printf ("<p align='left'><a href='enlace2.php'>enlace2</a></p>");
?>
</body>
</html>