Quiza el error sea porque esos checkbox no fueron seleccionados, por la tanto no se enviaron (solo se envia el valor de los checkbox seleccionados). Antes de realizar esas asignaciones podrias verificar que la variable exista:
Código PHP:
<?
if (isset($_POST["checkbox1"]) {
$checkbox1 = $_POST["checkbox1"] . "\n";
}
....
?>
Saludos.