Deberías indicar el código que usas .. así se te podrá mostrar mejor -donde- tienes que modificar tu código.
"Suponiendo e imaginando" que usas alguna función tipo:
move_uploaded_file()
Si te fijas en la documentación del mismo ..
www.php.net/move_uploaded_file
Veras que el primer parámetro indica la ruta donde está tu archivo .. el que estás subiendo (mejor dicho el que subió pero está en el directorio temporal donde pHP deja todo archivo que pasa por el en su proceso de "Upload"). El segundo parámetro indica la "ruta" y "nombre" del archivo donde debe quedar. Normalmente se usa "$_FILES['file']['name'] por qué así tomas el nombre -original- del archivo que subistes, pero si te fijas bien .. bajo ese critério, sólo tienes que usar tu variable del formulario donde le das nombre: $_POST['nombre_archivo_que_tendra']
Un saludo,