PHP es el lenguaje de programación con múltiples (infinitas) posibilidades que puedes hacer servir en tus webs.
El PHP-Nuke es un conjunto de archivos que alguien programó antes con PHP. Lo distribuye con la intención de que la gente lo pueda usar para hacer su web con la mayor comodidad y facilidad de instalacion posible. Pero no olvides que PHP-Nuke es un trabajo ya hecho, como muchos otros que también tienen nombres registrados; Post-Nuke, Xoops, Mambo Portal System...
Espero haberte sido de ayuda