El valor devuelto por una función debe ser asignado a alguna variable si queres utilizarlo después, no funciona como si fuera una variable global que despues podés acceder desde fuera de la función. Si no haces esa asignación, el valor devuelto se pierde. Probá con algo así:
Código PHP:
<?
...
if($pwd==$PassWord){
if(isset($Y_inic)&&isset($M_inic)&&isset($D_inic)){
$ret = checkonline($dir, $Y_inic, $M_inic, $D_inic, $folder);
$cont = $ret[1];
$map_count = $ret[2];
....
}
....
?>
Saludos.