Hola,
hace unos meses me pasó exactamente lo mismo que a ti: migré de php4 a php5 y me encontré con más problemas que ventajas. Después de mucho enredar solventé el problema, digamos casi que de chiripa. Lo que debes hacer es colocar el nuevo php.ini (el del php5) de modo que lo carge antes, mejor dicho en lugar de, el de php4. Para ello puedes servirte de lo que dicen en el documento de instalación de php5:
Cita: PHP busca el php.ini en las siguiente ubicaciones (en orden):
* En donde le indique directiva PHPIniDir (sólo para instalación como módulo en Apache 2)
* En donde le indique la clave HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\PHP\IniFilePath del registro de Windows
* En donde le indique la variable de entorno PHPRC
* El directorio de PHP (para CLI) o en el directorio del servidor (para modulos SAPI)
* El directorio de Windows (C:\windows or C:\winnt)
Si estás ejecutando Apache 2, el modo más sencillo es usar la directiva PHPIniDir (lee las páginas de instalación de Apache 2)
Piensa en donde tienes tú tus php.ini, cual está cargando antes y cual está mandando. Si con esta pseudoexplicación no te vale, dinos en qué carpetas tienes colocados qué ficheros y te diremos algo más. Ciao