Lo normal es trabajar con rutas absolutas completas . .así no tienes problemas . .en su defecto crea constantes o variables que definan tu ruta absoluta o bien usa variables de servidor tipo: $_SERVER['DOCUMENT_ROOT'] para obtener esas rutas absolutas hacia el raiz de tu sitio en ese servidor (virtual lo más probable).
Revisa este tutorial:
http://www.zonaphp.com/creando-webs-modulares/
Un saludo,