Además del salto de línea (\n) quizá también habria que eliminar el retorno de carro (\r). Seria algo asi:
Código PHP:
<?
$archivo = file_get_contents("tu_archivo.js");
$archivo2 = str_replace("\r\n","",$archivo);
file_put_contents("tu_archivo.js",$archivo2);
?>
Saludos.