Una forma simple seria asi ..
download.php?archivo=1293.rar
Código PHP:
<?
$archivo = $_GET['archivo'];
$directorio = "/home/tusitio/htdocs/directorio_de_descargas/";
$archivo = $archivo.$directorio;
header('Content-Disposition: attachment; filename="$archivo"');
?>
Espero que te sirva ...
Saludos