Las fechas con formato timestamp son medidas como la cantidad de segundos trancurridos desde el 1 de enero de 1970 (creo). Asi que al restar las fechas, obtenes el número de segundos transcurridos entre esas dos fechas. Lo único que tenes que hacer es dividir ese número por la cantidad de segundo que hay en un día, es decir, 86400:
Código PHP:
<?
$fecha1 = $fecha_pago;
$fecha2 = $ahora;
$resta_fecha = strtotime($fecha1) - strtotime($fecha2);
echo "DIFERENCIA:".($resta_fecha/86400); // me devuelve un fecha
?>
Saludos.