No es necesario que lo hagas asi. Si colocar ese codigo depende de una condicion, observa este ejemplo:
Código PHP:
<?php
if($pasa_algo==true)
{
?>
<a href="javascript:ventanaSecundaria ('script.php')"> ABRIR POPUP</a>
<?php
}
?>
O algo mas corto, pero sucio:
<?php
echo "<a href='javascript:ventanaSecundaria ('script.php')'> ABRIR POPUP</a>"
?>