¿Vas a usar un template ya hecho? ¿Lo diseñas vos? ¿Qué dimensiones tiene el sitio?
Te comento que si querés "disfrazar" el panel de administracion del joomla con tu logo y todo eso podés hacerlo reemplazando las imagenes por ftp (por ejemplo, el header que dice "Joomla" podes cambiarlo por uno que tenga tu nombre
)
Slaouds, 
.