Creo que esto deberia ir asi:
Código PHP:
if (mysql_num_rows($rs)>=1){
session_start();
$_SESSION["autentificado"] = "SI";
header ("Location: inicio.php");
}else {
header("Location: index.php?er=1");
}
Creo que el session_register ya no se usa. Y de ultima creo que lo correcto que definas la variable $autentificado antes de registrarla en la session.