Efectivamente, tienes que definir el array dinamicamente, y eso no se hace tal y como lo has puesto, jeje, deberia ser una cosa asi:
Imagino que en $row['dia'] esta el numero del dia...
Código PHP:
$sql = "select * from calendario where any=$año AND mes=$mes";
$query = mysql_query($sql);
while ($row = mysql_fetch_array($query)){
$days[$row['dia']] = array($row['link'],'linked-day');
}