Con el mismo TMPGEnc...
En las opciones de:
Filter Setting seleccionando Source Range, aparece lo siguiente.
Te vas al tiempo de una hora más o menos que es la capacidad del VCD promedio (1:10 aprox), seleccionas ese fotograma (mueves físicamente la barrita de tiempo) y le das Set End Frame, eso te parte el video en esa porción de tiempo, luego haces lo mismo para la otra parte comenzando en el siguiente fotograma o un poco antes...
También existen programas como el Easy Video Splitter que parte los videos sin renderizar nada, solo crea un nuevo inicio y final de archivo, más simple, pero de la pasada a mpeg-1 no te salvas
