Segun lo q he entendido,
si lo q quieres es comprobar si el Nº Rut no existe en ninguna de las dos tablas, yo probaria esto:
Código PHP:
select * from tabla1 where nºRut = (select * from tabla2 where NºRut=$N_Rut);
Si no te devuelve nada la consulta es q no Existe;
espero q te sirva,
Salud2