Yo creo que estás en lo cierto al pensar la manera de optimizar tus scripts. Leí en diferentes lugares que es importante tomar acciones en el sentido que estás planteando.
Lamentablemente todavía no tengo definida una buena manera de organizar un proyecto de cierta dimensión en PHP, pero hay mucha documentación al respecto.
En principio, y a ciegas porque no conozco los detalles, podría decirte que podés dividir ese archivo de consultas.php en varios menores donde cada uno agrupe las consultas que requiere una sección o módulo determinado de tu sitio.
Lo último que leí al respecto que me acuerde es
Lazy PHP: Part 1
También puedo decirte que si estás interesada en optimizar el rendimiento lo que podés hacer es utilizar la variable microtime() de php para medir el tiempo de ejecución del script. En el manual de PHP incluso tiene un ejemplo de cómo medir esto.
Así, cuando tenés una duda sobre el rendimiento, hacés dos versiones del script y las corres varias veces a cada una y comparás el promedio.
Hay mucha información más allá afuera.
