Hola, con Nero puedes crear un CD de arranque, pero todos los CD que que he visto de W98 y W98SE eran bootables.
En cuanto a los diskettes, parece que tienes mal la disketera.
Si el problema es que W98 no te los crea bien, puedes bajarlo de..
http://www.bootdisk.com/bootdisk.htm
Suerte.