Mira, lo que hace el this.form.submit() es submitir el formulario, si lo que queres hacer es eso, sacas ese script de onchange="" y listo, por otra parte si es lo que querias que pase (entendi que ese era tu problema), tratá de englobar las funciones del pdf y de la insersion de datos a la base con if y podes validar con la funcion empty("$var_name");
Por otra parte, El problema que vos planteas es que se te "Actualiza o hace un refresh" la pagina, (fijate de pegarle una leida a tu post original) y se soluciona sacando el formsubmit.
Te recomiendo que pases por acá, ya que podes probar todo lo que tenga que ver con javascript.
http://www.w3schools.com/js/tryit.as...om_form_submit
Un saludo