Ya lo obtuve, transparente, gracias, se hace de la siguiente manera
Código PHP:
// Se crea la mascara de la imagen nueva
$dst_img = imagecreatetruecolor($new_w,$new_h);
//El fondo lo ponemos en blanco
$bg = imagecolorallocate($dst_img, 255, 255, 255);
imagefill($dst_img,0,0,$bg);
imagecolortransparent($dst_img, $bg);