El problema es tu bucle, no he probado pero en C hay ciclos multiples trata algo asi:
Código PHP:
while ($c1=mysql_fetch_array($consu1) && $c2=mysql_fetch_array($consu2))
{
if ($c1[id] == $c2[id])
{
echo "<input type='checkbox' name='chk[]' checked value='$c1[id]'>$c1[descripcion]";
}
else
{
echo "<input type='checkbox' name='chk[]' value='$c1[id]'>$c1[descripcion]";
}
}
ahora aqui la cosa es que ambos tengan la misma longitud, o si no se va a cortar antes el bucle que termine antes.