Buenas, podrías probar usando chmod() en el script que sube el archivo al servidor (o sea, una vez que lo subís, asignás los permisos correspondientes).
Acá se explica, probablemente necesites darles permiso 0644
http://ar.php.net/es/chmod
Personalmente, no tengo mucha experiencia con chmod(), ya que nunca me pasó que al subir archivos quedaran con permiso 0. Lo cual me lleva a pensar que seguramente debe poderse establecer en la configuración del servidor determinados permisos por defecto, para el caso de que no se especifiquen. O sea que el tema podría encararse desde el lado del script o del server. Pero tal vez chmod() te alcance para solucionar el problema.
Suerte
Califa