pues una forma simple de hacerlo seria añadiendo otras 2 variables de definicion:
Código PHP:
$extension_2 = 'gif';
$extension_3 = 'png';
//y cambiar la linea
if(substr($nom_file, -3) == $extension) {
//por:
$ext_file = substr($nom_file, -3);
if($ext_file == $extension or $ext_file == $extension_2 or $ext_file == $extension_3) {
Bueno no es la mejor forma ni el mejor script pero creo que eso soluciona tu problema.