Para PHP .. multiplataforma (el "GUI" para diseñar los reportes) y gratuito ..
Agata Reports
http://www.agata.org.br/
No sé a que te refieres que "interactuen con Flash" .. Tu eres el encarcado de obtener del médio que corresponda los datos a representar en tus "reportes" .. (tu consulta SQL .. etc) .. Como llegues a este resultado tras filtros y demás "formularios" en Flash o HTML o lo que sea es otro tema. Luego con ayuda de sistemas como el que te propongo le das "forma" a esos datos que vas a obtener y un formato de salida: hacia un PDF .. en HTML .. etc.
Un saludo,