Si usas archivos de texto plano tendrás problemas de concurrencia lo más probable ...
NO sé si actualemnte para trabajar tu archivo lo bloqueas .. pero deberías hacerlo para evitar ese tipo de problemas.
Tendrías que usar:
flock()
http://www.php.net/flock
Puedes usar Base de datos? .. (para eso están diseñadas .. para evitar ese tipo de conflictos trabajando el tema como una "transacción" ...). Con archivos de texto plano te arriesgas.
Un saludo,