Hola
creo que no era necesario tener que borrar el usuario root, claro, siempre y cuando sea de usuario (root) y contraseña (la que designes).
lo otro, puedes crear usuarios y asi darle a esos usuarios los privilegios que designes (Datos, Estructura, Administración).
Cita: También puedes habilitar la autentificación HTTP para que te "pregunte" (con un login) que usuario/contraseña deseas usar.
eso es aqui en tu config.inc.php
$cfg['Servers'][$i]['auth_type'] = 'http'; // Authentication method (config, http or cookie based)?