El problema principal es que ambos formatos no son simple texto, sino que traen incrustado tanto texto como tipografia (colores, tipos de letra, etc) entre otras cosas. Dado esto, no es de leerlos simplemente hay que conocer la estructura que los rige.
No es posible que tengas la información en archivos de texto plano, separados por comas, o tabulaciones?
Al menos para los pdf se que existen clases hechas para crearlos, no se que mas podrán hacer, fpdf es una de ellas (
http://www.fpdf.org/). En el foro, buscando, encontrarás algunos ejemplos.