creo que desde la version 4.algo del mysql se puede trabajar con claves foraneas...
el tipo de tablas por defecto es myisam... para trabajar con claves foraneas tendras que pasar estas tablas a formato "Inno BD".
luego tendras que crear los indices correspondientes.
por ejemplo:
alumno(matricula, nombre,apellido) Pk:matricula como es Pk: ya es un indice
curso(grado,matricula) ambos son pk, en esta tabla deberas ir al link "Vista de relaciones" para enlazar matricula con la tabla alumno e indicar que cuando se actualice o borre en la tabla alumno, tambien lo haga en la tabla curso.
ahora no siempre la clave foranea(FK) es una PK en otra tabla, ahi tienes que indicar que esta FK es un indice... cuando quieres poner un atributo como PK lo haces en el icono con la llave... ahora cuando quieres convertir un atributo en indice vas al icono de al lado que es un "rayo".
como te decia, si la FK es primaria ya es un indice y puedes hacer los enlaces, si no es PK tienes que ponerla como indice para hacer los enlaces en "Vista de relaciones".
ojala me halla expresado bien y que pueda ayudar en algo.
saludos