el cliente va a tener q decir donde guardar CADA archivo.
lo unci q te puedo sugerir para algo multiple seria crear varios iframes algo asi
Código PHP:
<?
for ($i=0 ; $i< count($lista_archivos) ; $i++){
?>
<iframe src="descargar.php?file=<?=$lista_archivos[$i]?>"></iframe>
<?
}?>