Hola de nuevo
Para poder subir fisicamente un fichero a servidor, has de usar la función que te da PHP para ello.
La función es
move_uploaded_file, la cual tiene la siguiente sintaxis:
bool move_uploaded_file ( string filename, string destination )
Para más documentación, y por si encuentras alguna función que se adecue mejor a lo que quieres hacer, revisa el siguiente enlace:
phpNet
Espero haberte ayudado.
Un saludo