HOla, puedes usar la funcion DUMP de Mysql, solo mandala traer en tu script php.
funciona asi:
Código PHP:
$nombre_tabla = 'pato';
$archivo_de_respaldo = 'patolin.sql';
$query = "SELECT * INTO OUTFILE '$archivo_de_respaldo' FROM $nombre_tabla";
$final = mysql_query($query);
Espero q te sirva
saludos!