Yo creo, que si la información es importante debe estar representada en un campo de la BD, si no lo es, puede ir especificada en un campo adicional que acepte lo que sea, por ejemplo un texto largo.
No es buena politica que el usuario agregue campos a su discrecion pues mas tarde querrá realizar filtros por esos campos, analisis, etc. y vendrán los dolores de cabeza. Mas aún, 2 usuarios podrían ingresar el mismo tipo de información en 2 campos distintos.
Se puede hacer, es muy simple, colocas un formulario que pida nombre del campo, tipo de dato, largo, si es nulo o no, etc. y con esa informacion construyes una sentencia sql como esta:
alter table nombre_tabla add column nombre_campo tipo_dato(largo) ...
Para mas detalles de la sentencia alter ver:
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/en/alter-table.html