La solución es sencilla: no incluyas el código que inserta el flash de la forma convencional, en html.
Mi solución es la siguiente: donde quiero que salga la película flash, pongo algo así: <script>cargaPeliculaFlash();</script>
Esto son sentencias javascript (para el que no lo sepa). En la función cargaPeliculasFlash(), mediante document.write escribo línea a línea todo el código html necesario para la inserccion de la película flash.
Me he explicado bien?
Salu2