Si ya tienes montado tu sistema bajo MS SQL Server con PHP perfectamente puedes acceder a esta BBDD. Se te puede complicar algo dependiendo de tu situación ..pero todo suele tener soluciòn.
No indicas en que S.O. van a correr tus servidores bajo PHP (principalmente) y/o Mysql. Tampoco si el hecho de tener que realizar la migraciòn es tal vez por què todo el sistema lo van a subir a un "proveedor de servicios de hosting" donde sòlo les dan soporte PHP y Mysql (pero no acceso tal vez a MS SQL Server).
El término "dificil" o no .. es extremadamente subjetivo ..
En el foro de BBDD te direon respuesta:
http://www.forosdelweb.com/f86/migrar-bd-411883/
Si la necesitas màs completa .. no te aclarò nada o tienes dudas lo recomendable es: insistir en tu tema abierto .. Aquì tienes dos problemas a solucionar uno PHP y otro la BBDD a usar o poder usar.
Si no dominas SQL Server tendràs que ir empezando a conocerlo, ya sea por tener que usarlo directamente caso de que te conectes con PHP directo o bien por què vas a tener que "replicar" ese "modelo de datos" que esas BBDD implementan.
No especificas como para ver que tan "factible" serìa migrar de SQL Server a Mysql por ejemplo en que versiòn de Mysql vas a trabajar. Esto es muyyyyyy importante, pues si tu aplicaciòn SQL Server usa "triggers" o "store procedure" tendràs que usar una versiòn de Mysql que lo soporte (5.x) ...
En resumen, en lugar de preguntar si es "dificil" (como ya digo: termino bien subjetivo) expón las condiciones de tu "migraciòn" .. versiones de PHP que vas a usar, de Mysql .. de SQL Server .. que S.O. usa los servidores donde todo va a quedar .. si estàn juntos PHP y Mysql o SQL Server o estàn separados .. etc .. etc ...
Un saludo,