Te lo respondo lo más fácil posible ya que han hecho esa pregunta muchas veces...
Respuesta uno: En la página de MySQL (
14.4. Choosing a Storage Engine). Te recomiendo que empeces a leer inicialmente desde
Chapter 14. Pluggable Storage Engine Architecture.
Respuesta dos: La capacidad que tenga el disco duro del equipo, cantidad de memoria para realizar las solicitudes, etc.