Sobre los iframes:
http://www.forosdelweb.com/f4/iframes-validos-xhtml-1-1-a-261077/
Aunque yo preferiría usar un lenguaje de servidor para incluir documentos html dentro de otros.
Acerca de centrar contenidos, puedes darle un ancho a tus elementos y luego un margen automático, por ejemplo:
div {
margin: auto;
width: 500px;
}
Por cierto, no sé qué es realmente lo que buscas:
- migrar a xhtml
ó
- migrar a estándares web
Si te interesa lo segundo, creo que debes ir olvidando la maquetación con tablas y empezar a leer más sobre CSS :)
Saludos