Código PHP:
<?
$res=mysql_query("select count(id_padre) from comentarios where comentarios.id_padre='noticias.id_noticia'", $conexion);
La SQL esta mal, ya que estas intentando contar el numero de comentarios cuyo id_padre es 'noticias.id_noticia' el literal, ya que va entrecomillado.
Tendrias que poner el esta sql dentro del while, leer el id de la noticia y hacer
Código PHP:
<?
$id=row['id'];
$res=mysql_query("select count(id_padre) from comentarios where comentarios.id_padre=".$id, $conexion);
o bien modificar la SQL para que en una sola SQL te devuelva los datos de la noticia y en número de comentarios.