Las rutas de tus archivos han de ser absolutas ...
Código PHP:
<?php
header("Content-type: image/jpeg");
$filename="imagen.jpg"; // o la ruta absoluta donde esté (sin http:// .. !!!)
$im=imagecreatefromjpeg($filename);
imagejpg($im);
imagedestroy($im);
?>
Para las pruebas, ejecuta gen_img.php en forma directa .. lamandolo por el URL en tu barra de direcciones.
Un saludo,