En ese caso tus "input" para pedir esa calificación en ese formulario se trabajan como un "array".
En ese caso los nombres de los "input" se definen como nombre[]. También necesitas propagar tu "id" del nombre del alumno en un campo oculto y con valor a su "ID" correspondiente (o nombre o como lo identifiques) .. Así generas un par de arrays con indices "paralelos".
Código PHP:
<input type="hidden" name="ids[]" value="<? echo $id ?>">
<input type="text" name="calificaciones[]">
El array generado en tu script PHP de proceso lo recorres con un bucle for() usando el mismo indice que vas generado para ambos arrays:
Código PHP:
for ($x=0; $x <= count($_POST['ids']) ; $x++){
echo $_POST['ids'][$x]." --> ".$_POST['calificaciones'][$x]."<br>";
}
Y .. eso es todo.
Un saludo,