Te tengo 2 opciones la primera y para mi gusto más elegante ademas de ser la que yo uso es la utilización de FLASH PAPER, que consiste en convertir los PDF en SWF con la herramienta de Macromedia.
La segunda menos elegante pero que cumple con la misión es meter el archivo ejecutable en una carpeta dentro de donde estará el SWF llamada fscommand para poder utilizar el comando EXEC de fscommand; pero si tienes un archivo como es tu caso un PDF, PPS, DOC lo que sea primero tienes que hacer un archivo .BAT procesamiento por lotes para que este abra el archivo que requieres, para mas detalles checa este link:
Ejecutar y Abrir archivos externos desde Flash
Saludos ojala te sirva.
