Buenas, me parece que la manera más simple y óptima es usar la función str_pad(), una de esas mucha funciones útiles que tiene php y muchas veces se nos pasan por alto.
http://ar.php.net/str_pad
Un ejemplo:
Código PHP:
<?php
$nroOrig = 10;
$resultado = str_pad($nroOrig,5,'0',STR_PAD_LEFT);
echo $resultado; // imprime 00010
?>
Suerte
Califa