Por algùn lado en tu "carrito de compra" tendrás que generar un link hacia tu script de actualización .. donde obtendras ese $item y de ahí podras tratar ese array que en el fondo es lo que es $_SESSION como tal.
Código PHP:
$_SESSION['cantidad'][$item] = "nueva cantidad";
Como presentas lo datos de tu sesión (carrito) .. generas ya ese link que te comento? es decir, tienes claro e identificado el $item a editar?
(modificar el nombre del artìculo? .. no corresponde .. en ese caso elimina el artículo y crea uno nuevo .. Otro dato que te interesaría serìa algùn "ID" de ese artículo o código para una referencia màs exacta ..)
Un saludo,