Listo y disculpa por la demora...
Como estaba haciendo postproducción se me pasó decirte cuál es la opción alternativa... Ahora que estaba editando unos videos me acordé
Al exportar (Export -> Movie) hazlo en formato DV AVI, en la pestaña de ajustes de video, verás que no te deja moverle mucho, y en Keyframe and Rendering, donde dice Fields, selecciona No fields (Progressive Scan)
Con eso verás que el video exportado sale con la misma calidad del original y sin esas rayitas. Ya luego usas el canopus o TMPGEnc, o el que gustes para bajarle el tamaño o lo que necesites...
Espero te sirva esta otra opción.