Mmmm... la verdad es que no entiendo muy bien tu planteamiento de columnas. ¿Por qué en el contenedor principal pones la columna de la izquierda, y luego otro contenedor que (valga la rebuznancia) contiene el contenido principal y la columna de la derecha?
¿No sería más fácil usar un solo contenedor con 3 columnas? Bueno, al margen de eso, he visto que usas XHTML Transitional, y sin embargo colocas el prólogo XML. Estrictamente hablando, es correcto, pero IE tiene otro concepto universal de lo que es correcto e incorrecto, y en vez de renderizar en modo estandar, renderiza en modo "quirks". Prueba a quitar el prólogo XML (al ser XHTML transitional, no es obligatorio)
Leete esto, igual te ayuda:
http://www.quirksmode.org/css/quirksmode.html